cytoscape作图教程
cytoscape作图教程的核心是先把节点和边整理成表格再导入，然后用样式面板把点的颜色大小、边的粗细和形状做出来，最后调布局并导出图片。很多新手一打开软件就想直接画图，结果不知道数据从哪来、样式为什么不变，所以下面按实际操作顺序把整条链路讲清楚。
- 准备节点表和边表
Cytoscape 的图不是一笔一笔画出来的，而是由「节点表」和「边表」两张表驱动。节点表至少有一列作为节点 ID，可再加一列 name 作为显示名，以及 group、type 之类用来分组的列。边表要有 source 和 interaction 两列，source 写起点 ID，target 写终点 ID，interaction 写两者关系类型。两张表的 ID 必须完全一致，不能一个写 A 一个写 a，也不能有边指向节点表里不存在的点。用 Excel 整理好后另存为 CSV 或制表符分隔的 txt，避免中文名和空格造成的解析问题。想省事也可以直接在 Cytoscape 里用 File 菜单新建表格再手工填。 - 导入网络并核对节点边数量
依次点 File、Import、Network、File，选中整理好的边表，导入对话框中把 source、target、interaction 三列对应选对，确认后网络就生成了。如果只有边表而没有节点属性，节点会以 ID 自动创建。导入后先看左下角或 Network 面板里节点数和边数是否和表格对得上，对不上多半是分隔符选错、首行被当成数据或 ID 大小写不一致。若要补节点属性，再用 File、Import、Table、File 把节点表导入，关键是把 Key 列设为节点 ID，并选择导入到已有网络而不是新建网络。 - 用 Style 面板设置点和边的外观
作图效果几乎都在左侧 Style 面板完成。先选默认的节点形状，再点 Fill Color 右边的菱形小块，把这一项从默认的固定颜色改成按某一列取值，比如按 group 上色，就能一眼区分不同分组。节点大小可以按 Degree 之类的数值列映射，或用 Continuous Mapping 设定最小最大值。边的颜色、线宽、线型同理，可以按 interaction 分成实线、虚线不同样式。标签用 Label 项打开，选择显示 name 列，再调字号和颜色。改完样式建议点面板底部的选项把当前样式保存下来，下次做同类图直接套用。 - 切换布局让结构更清楚
布局决定节点摆在哪里，是网络图可读性的关键。在 Layout 菜单里可以选 Prefuse Force Directed、CoSE、Circular、Grid 等，不同布局适合不同数据：关系型网络常用力导向布局，环状流程用 Circular，分类展示用 Group Attributes Layout 按属性分组摆放。选好布局后可点 Layout、Settings 调整参数，或者用 Layout Tools 面板里的按钮对局部节点重新排布。图太乱时先把标签关掉看整体结构，调好布局再开标签，能明显减少遮挡。 - 微调并导出图片
整体满意后做几处收尾：拖动个别重叠节点，用 Edit 菜单里的对齐和分布功能整理同类节点，给关键节点加注释。导出时用 File、Export as Image，选择 PNG 或 PDF，PNG 适合放文档和网页，PDF 或 SVG 适合后续在矢量软件里继续编辑。导出前把缩放调到合适比例，分辨率按使用场景选，不要只导默认尺寸导致放大后模糊。若还要在图外用软件做统计，可以用 Tools 里的网络分析功能算度、聚类系数等指标，再回到 Style 里按这些新列上色，让数据结论和视觉表达对应起来。整体流程就是整理表格、导入、调样式、换布局、导出五步，多练几次就能形成自己的作图习惯。想要软件的获取与介绍可以看软件页 https://www.xxu5.com/?p=3026。