cytoscape图表更新

1. 确认当前网络是否已经同步到最新数据源
   Cytoscape 的图由网络表、节点表、边表和样式四层组成。更新图表前，先看左侧网络列表选中的是哪一个网络，看表格面板里的节点和边是否已经是修改后的内容。如果刚导入新的属性文件或重新执行了分析，但表格没有变化，就先用导入表格的方式把新数据合入现有网络，再谈图形更新。检查项包括：属性列名是否与已有列完全一致、关键列有没有被当成字符串、合并后是否出现重复列。只有数据层确认变了，后面的样式与重绘才有意义。
2. 重新应用样式映射与视觉属性
   很多用户看到图表没更新，其实是样式映射还停留在旧规则。在样式面板里，先按列选择要找的属性列，再看映射类型是连续映射、离散映射还是直通映射。如果数据值已经改动，但颜色、大小、标签没跟着变，可以点样式面板里的应用或重新加载样式，也可以先切到另一个样式再切回来触发重绘。若某几个节点被手动锁定外观，需要先取消锁定或移除手动覆盖，否则映射不会覆盖它们。检查项：是否启用了手动布局后固定节点、是否存在按节点单独设置的填充色、是否启用了按列映射但列名已改。
3. 执行布局与视图刷新让画布真正重绘
   数据与样式都正确后，画面仍可能停留在旧位置。这时在布局菜单里选择适合当前网络的布局算法重新运行一次，例如力导向、层次或环形布局；运行完成后用视图菜单中的适应窗口或缩放至全部来重新计算可视区域。如果只想刷新而不想移动节点，可以尝试点击画布空白处、切换网络标签再切回来、或最小化再恢复窗口，促使界面重绘。检查项：是否处于选择模式而非编辑模式、是否被筛选器隐藏了部分节点、画布是否因为节点过多而卡在旧帧。
4. 处理筛选、隐藏与子网络造成的更新假象
   Cytoscape 里筛选器和隐藏状态会让图看起来没更新。先打开选择或筛选面板，确认没有被激活的条件过滤掉新节点；再检查网络是否被创建了子网络或分组视图，因为子网络只包含创建时刻的节点集合，后续主网络新增的节点不会自动出现在子网络中。若需要子网络跟随主网络更新，应回到主网络重新创建，或直接在主网络上做展示。检查项：是否有已保存的视图、是否使用了按条件选中的快捷方式、是否存在多个网络标签导致看错对象。
5. 保存、导出与 figure 面板的更新节奏
   如果更新是为了出图，注意保存的会话文件只记录保存时的状态。修改数据或样式后，要重新保存会话或重新导出图片，旧的导出文件不会自动变化。使用 figure 面板排版时，panel 里的图是快照式内容，主网络更新后需要手动把 panel 内容替换或重新生成，否则导出图仍是旧版。检查项：是否只改了主网络而没更新 panel、是否导出了旧会话、是否在另一台机器打开导致路径属性列丢失。需要参考 Cytoscape 的安装与界面说明，可回到软件页查看。

软件页面：Cytoscape。