cytoscape可视化共表达网络

1. 准备共表达关系表
   把共表达分析结果整理成两列或三列表格：源节点、目标节点，可选权重列。例如基因 A 与基因 B 的相关系数或互作得分。保存为制表符或逗号分隔的纯文本文件，扩展名用 .txt 或 .csv。如果已有模块划分，可另存一份节点属性表，包含基因名和模块颜色或模块编号，后续用于着色。注意第一行写成列名，不要有合并单元格。
2. 导入网络到 Cytoscape
   打开 Cytoscape，从菜单选择导入网络文件。在导入对话框中把源节点列、目标节点列和权重列分别指定到对应字段。如果源和目标都是基因名，Cytoscape 会把它们当作节点，每一行关系生成一条边。导入后先用布局菜单里的力导向布局或环形布局查看整体结构，确认节点数和边数是否与预期一致。若网络过于密集，可先按权重阈值筛选掉弱连接。
3. 导入节点属性并做视觉映射
   从文件菜单导入节点属性表，把模块编号、表达量或连通度等列关联到已有节点。在样式面板里新建视觉样式：节点填充色可以映射到模块编号，节点大小映射到连通度或表达量，标签映射到基因名。边颜色或粗细映射到共表达权重。这样一张网络图上同时呈现模块划分和连接强弱，比只画节点和边更易读。
4. 调整布局突出共表达模块
   共表达网络通常按模块聚集更清楚。可先用力导向布局让连接紧密的基因靠拢，再手动微调。如果模块很多，可尝试分组布局或按属性布局，让同模块节点聚在一起。布局参数如斥力、边长、重力可逐步调整，每次调整后观察模块是否分离。不要一次把参数拉得太大，否则节点会散成一片。
5. 筛选与导出结果
   在样式或选择面板里按边权重筛选，只保留高于阈值的共表达关系，能减少毛球效应。也可按节点连通度选择核心基因，再查看它们的邻居。确认图面清晰后，从导出菜单选择图片格式，设置合适分辨率。若需要后续编辑，可导出为矢量格式或保存 Cytoscape 会话文件，便于再次打开继续调整。
6. 常见疑问与检查项
   如果导入后没有网络，检查分隔符是否选对、列名是否被正确识别、源和目标基因名是否一致。如果模块颜色不显示，检查节点属性表里的基因名与网络节点名是否完全匹配，包括大小写和空格。如果想按共表达权重调整边，确认权重列被识别为数值类型。不同 Cytoscape 版本的菜单名称可能略有差异，以当前界面为准，可在导入和样式面板中逐项核对。

软件页面：Cytoscape。