Cytoscape怎么用

1. 启动后先认识主界面
   打开 Cytoscape 后，上方是菜单栏和常用工具栏，左侧通常是网络列表、样式选择器与网络视图，中间最大区域是网络画布，右侧常见的是样式面板、节点/边表格和结果面板。不同版本布局略有差异，所以第一步是确认三块区域：左侧能不能看到 Network 列表，中间有没有空白画布，右侧有没有 Style 面板。若看不到某些面板，在菜单栏的 View 或 Layout 菜单里找面板显示开关，把 Network、Style、Table Panel 勾选出来即可。先熟悉这三块，后面所有操作都围绕它们展开。
2. 把网络数据导入画布
   Cytoscape 怎么用，最直接的方式是从 File 菜单选择 Import，再选 Network from File，然后找到你的网络文件。常见格式有 SIF、XGMML、GraphML、CSV 等，选择时看文件后缀和软件支持的格式列表。导入后网络会出现在左侧 Network 列表中，中间画布上会出现节点和连边。如果画布仍然空白，检查导入的文件是否包含至少两列节点关系；如果只有孤立节点而没有边，画布上可能只显示零散点。导入完成后，给网络起一个能看懂的名字，方便后续在多个网络之间切换。
3. 用布局把节点铺开
   刚导入的网络节点常常挤在一起，这时使用 Layout 菜单选择一种布局算法。常用的有 Grid Layout 把节点排成网格，Circular Layout 排成圆形，Prefuse Force Directed Layout 按连接强度自动分散节点，yFiles Organic Layout 适合观察聚类。选择布局后，画布会重新排列节点位置，觉得不合适可以按 Ctrl+Z 撤销再换一种。布局是视图层面的调整，不会改变网络数据本身，所以可以放心反复尝试。节点多的时候优先用力导向布局，节点少的时候用圆形或网格更容易看清每条边。
4. 在样式面板调整节点和边
   右侧 Style 面板决定网络长什么样。先在下拉框里选择当前样式，再点开 Node、Edge、Network 三个标签页。常用的设置包括：Node 里的 Fill Color 控制节点填充色，Shape 控制圆形、方形、三角形等形状，Size 控制节点大小，Label 控制节点名称显示；Edge 里的 Stroke Color 控制连线颜色，Width 控制线宽，Target Arrow Shape 控制箭头样式。想让颜色或大小映射到数据列，把属性列的映射类型从 Discrete 改成 Continuous，再选择对应列和配色。调整后画布会实时更新，不用手动刷新。
5. 查看和编辑节点边数据
   如果导入时带了属性表，可以在右侧 Table Panel 里查看 Node Table 和 Edge Table。点某个节点，表格里对应行会高亮，方便核对名称和数值。要修改单个值，双击单元格输入新内容，按回车确认。要批量修改，可以选中多行后右键选择编辑，或者把表格导出成 CSV，在表格软件里改好再导入回来。常用列包括节点名称、分组、数值型权重等，这些列后面会被样式映射和分析功能使用，所以导入后先花一点时间确认列名和数据有没有错位。
6. 跑常用分析和选择操作
   菜单栏 Tools 和 Apps 里有很多分析功能。常用的有 Analyze Network 计算节点度、聚类系数等基本指标，Results 会生成一张结果表；还有 Select 菜单按条件选节点，比如按度数范围、按名称包含某个关键词，选中的节点可以单独上色或导出。快捷键方面，Ctrl+A 全选节点，Ctrl+Z 撤销，Ctrl+Shift+Z 重做，Delete 删除选中元素，Ctrl+F 在画布中查找节点。如果菜单里找不到某个分析项，检查是否需要在 Apps 菜单里安装对应插件。
7. 导出图片或数据完成交付
   做完图后，从 File 菜单选择 Export，再选 Network to Image，可以导出 PNG、JPEG、PDF 等图片格式。导出前先调整好画布缩放和画布大小，避免导出后文字太小或节点被裁掉。如果要交付给其他人继续分析，选择 Export Network to File，导出为 SIF、GraphML 或 CSV 等格式。需要保存整个工程时，用 File 里的 Save 保存为 CYS 会话文件，下次打开会恢复网络、样式和布局。导出的图片和会话文件建议放在同一个文件夹，方便对应查找。

软件页面：Cytoscape。