cytoscape画网络图

1. 准备数据表并导入网络
   先把网络数据整理成表格。通常需要两张表：一张边表记录 source 与 target 两列，表示谁和谁相连，可以再加一列 weight 表示权重；另一张节点表记录节点名称和额外属性，比如类型、分组、表达量。若只画简单网络，一个边表也够用，节点会自动生成。在 Cytoscape 中通过 File 菜单的 Import 选择 Network from File，选中边表，在导入预览里确认 source 与 target 列被正确识别，然后确认导入。导入后左侧会生成一个网络，右侧出现节点表与边表，能用表格核对行列数量是否与原始数据一致。
2. 用样式面板按列映射颜色大小和形状
   网络导入后默认样式很朴素，需要到左侧 Style 面板做视觉映射。选中某个样式属性，例如 Node Fill Color，把它从默认的固定颜色改为 Column，然后在下拉里选择节点表里的某一列，例如分组或类别。下方会列出该列每个取值，可逐一指定颜色。同理 Node Size 可映射到表达量或度，Node Shape 可映射到类型，Node Label 可映射到名称列。边也可以映射：Edge Width 映射到 weight，Edge Color 或透明度映射到方向或强度。核心思路是把数据列绑定到视觉通道，而不是手工一个个改节点。
3. 选择布局并调整网络形态
   数据映射好后，网络可能还是杂乱的一团，需要选布局。菜单 Layout 里常见的包括 Prefuse Force Directed、yFiles Organic 一类力导向布局，还有 Grid Layout、Circular Layout 等规整布局。先选力导向布局让连接紧密的节点聚在一起，再按需要拖动个别节点微调。若想按分组摆放，可以在布局时选择分组列作为分组依据，让同一类别自动聚成簇。布局只是辅助观察，改样式和删节点后可重新运行一次布局，让图形恢复可读的形态。注意布局结果会随节点位置变化，建议满意后再导出。
4. 筛选子网络与处理孤立节点
   当节点很多时，整张图难以阅读，可以用选择或筛选缩小范围。先用 Select 菜单里的节点选择方式按名称、按属性或按度数选择一部分节点，再建一个子网络：右键选中节点或使用新网络功能，从选中集创建子网络。也可以按度阈值过滤，只保留连接较多的节点。孤立节点若不参与分析，可先选中它们再删除。处理之后回到样式面板确认颜色大小映射仍指向正确的列，避免筛选后映射错位或图例与实际颜色不符。
5. 导出图片与保存会话
   图形满意后通过 File 菜单的 Export 选择导出为网络图片，常见格式包括 PNG、PDF、SVG。PNG 适合插入文档或演示，PDF 与 SVG 为矢量格式，放大不模糊。导出窗口里可调整尺寸与分辨率，分辨率过低时文字会发虚，可提高输出尺寸。若要后续继续编辑，不要只导出图片，应使用保存会话功能把整个 Cytoscape 工程保存为会话文件，下次打开能恢复网络、样式与布局。需要复查数据来源时，保留原始表格与导出记录，方便核对哪些行被筛选或删除。

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