Cytoscape MCODE模块分析怎么做
Cytoscape MCODE模块分析通常是在 Cytoscape 里加载 MCODE 应用后，对网络进行聚类并找出密集连接子网络的过程。若你想知道 MCODE 模块分析如何在 Cytoscape 中完成，核心步骤是：安装或启用 MCODE、导入网络、调整参数、运行并查看结果，最后导出模块。
- 确认 MCODE 应用已安装并启用
打开 Cytoscape，点击顶部菜单「Apps」→「App Manager」。在搜索框输入「MCODE」，找到对应条目后点击「Install」。安装完成后，可在「Apps」菜单下看到「MCODE」子菜单。若已安装但看不到，先检查该应用是否处于启用状态，或重启 Cytoscape 后再查看。注意 Cytoscape 版本不同，菜单名称可能略有差异，以你软件中实际显示为准。 - 导入或创建待分析网络
MCODE 模块分析需要基于一个已有的网络。你可以通过「File」→「Import」→「Network from File」导入边列表或 SIF 等格式，也可以使用「Network from Public Databases」导入公共数据。导入后确认节点和边显示正常，并可在「Style」面板设置节点标签和大小，方便后续观察模块。若网络为空或节点数极少，MCODE 分析结果可能没有意义，建议先检查数据文件是否完整。 - 打开 MCODE 并设置分析参数
在 Cytoscape 中选择「Apps」→「MCODE」→「Open MCODE」。弹出面板后，主要参数包括：Degree Cutoff 用于设定节点最小连接数；Node Score Cutoff 控制节点得分阈值；K-Core 用于去除低连接子图；Max Depth 限制递归深度。初次使用可保持默认值，或根据网络规模适当调整。若网络较稀疏，可降低 Degree Cutoff；若想得到更紧凑的模块，可提高 Node Score Cutoff。不确定时先记录当前参数，便于对比不同设置下的结果。 - 运行 MCODE 并查看模块结果
设置好参数后点击「Analyze Current Network」按钮。MCODE 会计算每个节点的得分并输出若干模块。运行结束后，可在结果面板中看到模块列表，每个模块会显示得分、节点数等信息。点击某个模块，Cytoscape 会在主视图中高亮对应的子网络。你也可以在「Apps」菜单中打开「MCODE Results」查看详细表格。若没有结果，先检查网络是否有足够数量的边、参数是否过于严格，再重新运行。 - 导出模块结果或用于后续分析
找到感兴趣的模块后，可以将其导出为单独的网络：在结果面板中选择模块，点击「Create Network」或类似按钮，Cytoscape 会生成一个新的子网络。随后可通过「File」→「Export」→「Network」将子网络导出为表格或图片。若需要进一步做功能富集分析，可以把模块中的节点列表复制出来，用于其他工具。注意导出格式取决于你的 Cytoscape 版本，以界面实际选项为准。
软件页面：Cytoscape。