cytoscape怎么输入调控网络

1. 准备调控关系表格
   先用 Excel 或文本编辑器整理一个边表，至少包含两列：源节点和靶节点。源节点通常写转录因子或调控基因，靶节点写被调控的基因或蛋白。如果还知道调控方向，可以增加一列 interaction，用 activation 表示激活、repression 表示抑制；如果有置信度或权重，再加一列 weight，用数值表示。表头不要有合并单元格、不要有空行，基因名尽量与注释文件一致。保存为 CSV 或 TSV 格式，编码用 UTF-8，避免中文列名导致识别异常。
2. 在 Cytoscape 中导入边表
   打开 Cytoscape，选择 File 菜单下的 Import，再进入 Network 子菜单，选择 File 或 Table。定位到刚才保存的 CSV/TSV 文件，导入预览窗口会显示列名和示例数据。在预览窗口中，把源节点列指定为 Source Node，把靶节点列指定为 Target Node，把 interaction 列指定为 Interaction Type，把 weight 列指定为 Edge Weight。确认没有重复列被误认成节点属性后，点击 OK，软件会根据边表生成一个调控网络视图。
3. 补充节点属性表
   如果希望节点按基因类型、通路、表达量着色或改变形状，需要再准备节点属性表：第一列是节点 ID，必须与边表中的源节点和靶节点名称完全一致，后续列写类型、分组、logFC、p 值等属性。导入时选择 File 菜单下的 Import、Table，选择文件后把第一列指定为 Key，也就是节点 ID，把其他列指定为 Node Attribute。导入后可以在 Style 面板中把节点颜色、大小、标签映射到这些属性上，网络会更符合调控分析的需要。
4. 检查网络是否正确生成
   导入完成后，在 Network 面板中应能看到新建的网络名称，在节点和边表面板中应能看到对应数量的节点和边。如果节点数量明显偏少，常见原因是基因名中有空格、大小写不一致、使用了别名或表格中存在重复行；可以回到表格中统一命名，再用 Ctrl+H 替换空格。如果边全部丢失，检查 Source Node 与 Target Node 是否选反，以及 interaction 列是否被错误指定为数值类型。也可以在 Table 面板中按列排序，确认源节点和靶节点都有值。
5. 用布局和样式展示调控网络
   网络导入后默认布局往往比较杂乱，可以在 Layout 菜单中选择 Prefuse Force Directed、yFiles Organic 或 Attribute Circle 等布局，让调控关系更清楚。如果只想突出转录因子到靶基因的方向，可以在 Style 的 Edge 选项卡中把 Target Arrow Shape 设为 Arrow，把 interaction 列映射为边颜色：activation 用红色、repression 用蓝色。最后通过 File 菜单的 Export 选择图片或网络文件，方便放入报告或继续用其他工具分析。
6. 常见格式与命名注意点
   Cytoscape 读取的是表格数据而不是图片，所以不要试图直接把通路截图拖入。基因名如果包含特殊符号，例如连字符、点号或斜杠，建议在导入前统一替换成下划线；如果使用 Entrez ID 或 Ensembl ID，要保持边表和属性表使用同一套 ID。文件路径中尽量不要出现中文和空格，必要时先复制到桌面再导入。若导入时提示列无法识别，可以先用文本编辑器打开文件，确认分隔符是逗号还是制表符，再在导入预览中手动调整分隔符设置。

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