cytoscape可以做什么图

1. 网络图与关系图
   Cytoscape 最核心的图就是网络图，由节点和边两部分组成。节点代表一个对象，比如基因、蛋白质、化合物、人物、网页；边代表两个对象之间存在的关系，比如相互作用、调控、共现、引用、交易。你把节点表和边表导入后，软件会自动布局成一张网状图，可以缩放、拖拽、点选。这是它区别于普通绘图软件的地方：图上的结构完全由你提供的数据关系决定，而不是一笔一笔画出来。
2. 生物与分子互作网络
   在生命科学里，Cytoscape 常被用来画蛋白质互作网络、基因调控网络、代谢通路图、药物靶点关系图。你可以把表达量、差异倍数、显著性等数据作为节点属性导入，再用颜色深浅或节点大小来区分上下调或强弱。这样一张图同时表达结构和数值，比单独列一个表格更容易看出关键节点，比如连接度高的枢纽基因。
3. 带属性的图与样式映射
   Cytoscape 可以做带属性的图：每个节点或边可以挂很多字段，比如名称、类型、分数、分组、时间。通过样式面板把属性映射到颜色、形状、大小、边框、标签，就能生成一张信息量很大的可视化图。例如用节点颜色表示类别，用节点大小表示重要性，用边的粗细表示关联强度。这是它比较灵活的一点，同一份网络能快速切换成不同风格的图。
4. 聚类与子网络图
   除了整张网络，它也能做聚焦子网络的图。你可以先按条件筛选节点和边，只保留感兴趣的部分，再做聚类分析，把联系紧密的节点分成模块，用不同颜色区分。这样得到的是模块化网络图或子网络图，适合展示某个通路、某个复合物、某类人群之间的关系，比一张全量网络更容易解读。
5. 布局与导出图
   做出来的图可以选择不同布局算法，例如力导向布局、层次布局、环形布局，让节点分布更符合阅读习惯。调整好位置、标签和配色后，可以导出成图片或矢量格式，放进论文、报告和演示文稿。导出前建议检查：节点标签是否重叠、边是否过于密集、颜色是否在黑白打印下还能区分。
6. 它不适合做的图
   需要说明的是，Cytoscape 不擅长做常见的统计图表，比如柱状图、折线图、饼图、散点图，也不适合画流程图、组织结构图、思维导图或工程示意图。这些需求应该用 Excel、统计软件、绘图软件或思维导图工具。如果你手里的数据不是节点和边的关系型数据，Cytoscape 用起来会别扭。
7. 怎么判断该不该用
   你可以这样判断：只要你的数据能整理成「谁和谁有关系」两张表，一张列出对象，一张列出关系，就适合用 Cytoscape 做网络图；如果数据只是独立的数值和分类，没有相互关系，那它就不合适。想快速验证，先准备十来个节点和几条边导入看看效果，确认图能表达你的问题，再投入时间做完整可视化。

软件页面：Cytoscape。