Cytoscape怎么使用

1. 启动后认准三个主区域
   启动 Cytoscape 后，界面大致分为三块：上方是菜单栏与常用工具按钮，左侧是控制面板，右侧是表格面板，中间是网络视图。左侧控制面板里常见的有网络、样式、布局等标签页，右侧表格用于查看和编辑节点表与边表。第一次使用不必急着画图，先点菜单栏的文件，选择新建网络，或者选择从文件导入网络，确认软件能正常显示一个空白网络或已导入的网络。若打开后区域被拖动乱了，可在菜单栏的视图菜单里选择重置窗口布局，恢复到默认排列。
2. 导入或新建你的网络数据
   使用 Cytoscape 最常用的是导入已有数据。点菜单栏的文件，选择导入，再选择网络文件，常见格式有 SIF、XGMML、GraphML 等；如果数据是表格形式，可先准备两列表示源节点和目标节点，再通过导入表格的方式生成网络。导入时软件会弹出预览窗口，让你确认哪一列是源、哪一列是目标、哪一列是交互类型。确认无误后点确定，网络就会出现在中间的视图里。若要手动新建，点文件菜单里的新建网络，再在右侧表格里逐条添加节点和边，适合边数很少的小网络。
3. 用布局把网络摆开
   网络刚导入时节点常挤在一起，这时要用布局。点左侧控制面板的布局标签页，或者点菜单栏的布局菜单，里面常见的有网格布局、圆形布局、力导向布局等。选一种后点应用布局，节点会按算法重新排列。想微调时，可以用鼠标拖动单个节点；按住 Shift 再拖动可多选节点一起移动。如果节点太多看不清，可用左侧网络面板下方的缩放滑块，或者用鼠标滚轮缩放、按住右键拖动平移画布。布局没有绝对正确，多试几种直到连线关系看得清楚即可。
4. 在样式面板里改颜色和形状
   让图好看且能表达信息，靠的是样式面板。点左侧控制面板的样式标签页，这里可以分别设置节点、边和网络的视觉属性。常用项包括节点填充色、节点形状、节点大小、标签字体与字号，以及边的颜色、线型和粗细。每个属性右侧有一个默认值，点开后可以选择按某列数据映射，例如按节点类型上不同颜色，或按数值大小改变节点大小。改完样式后网络视图会实时更新。如果只想改选中对象，可以先在视图里点选节点，再为选中项单独设置。
5. 选中、搜索与查看节点信息
   在 Cytoscape 里操作节点前通常要先选中。单击节点选中一个，按住 Shift 单击可加选多个，在空白处拖动可框选一片区域。想快速找到某个节点，可用菜单栏编辑里的查找功能，或者在右侧节点表格里按名称排序、筛选。选中节点后，右侧表格会高亮对应行，左侧也可通过选择菜单做进一步操作，例如选中相邻节点、选中连接边。查看某个节点的详细属性时，直接看右侧表格里该行各列的值即可，不需要打开额外窗口。
6. 常用快捷键与导出结果
   Cytoscape 的常用快捷键包括：Ctrl+C 复制选中对象，Ctrl+V 粘贴，Ctrl+Z 撤销，Ctrl+Y 重做，Ctrl+A 全选，Ctrl+S 保存会话文件，Ctrl+Shift+S 另存会话。注意这里保存的是会话而不是普通图片。要导出图片，点菜单栏的文件，选择导出，再选择网络为图片，可选 PNG、JPEG、PDF 等格式，导出前建议先调整好布局和缩放，因为导出会按当前视图生成。要导出数据表，可在右侧表格面板点导出按钮，把节点表或边表存成文本文件。完成一张图后，建议先保存会话，再导出图片，方便以后回来继续修改。

软件页面：Cytoscape。