cytoscape网络图制作

1. 准备网络数据文件
   cytoscape网络图制作的起点是数据文件，通常准备两张表：一张节点表，一张边表。节点表至少包含节点标识列，可选名称、类型、分组等属性列；边表至少包含来源节点列和目标节点列，可选权重、方向、关系类型等列。文件保存为制表符或逗号分隔的文本文件，扩展名用 txt 或 csv 都可以，但列名要写在第一行。如果只有类似来源、目标、权重的边表，导入时选择从单个文件读取，软件会让你分别指定哪一列是来源、哪一列是目标。记得检查节点标识是否前后一致，多一个空格都可能被当成两个不同节点。
2. 导入数据并确认网络类型
   打开软件后从文件菜单选择导入网络，按向导选择刚才准备好的文件。导入界面会显示预览表格，可以先确认列名识别是否正常；如果节点表和边表是分开的两个文件，先导入节点表再导入边表，或者按向导同时指定两张表。确认无误后点击确定，画布上就会出现一个初始网络。此时节点位置通常是堆叠或随机分布，看起来杂乱属于正常现象，下一步就是处理布局。若导入后节点数量与预期不符，回到数据文件检查是否有重复标识、空行或分隔符不一致的列。
3. 选择合适的布局算法
   布局决定网络图的整体观感，是 cytoscape网络图制作里最影响效果的一步。在布局菜单里可以按需选择：节点数量较多、想快速看整体聚集关系时用基于力导向的布局；想按类别或分组排列时用环形或网格布局；想突出层次或流程方向时用分层布局。每次应用布局后不满意可以直接撤销或重新应用另一种，不会破坏原始数据。节点太多导致拥挤时，可以先降低节点大小、隐藏部分标签，或对网络做一次筛选只保留关键节点，再重新布局。
4. 调整节点和边的样式
   在样式面板里可以为节点和边分别设置外观。常见做法包括：把节点大小绑定到度或某个数值属性，让重要节点更显眼；把节点颜色绑定到分组或类型属性，用不同色块区分类别；把边的粗细绑定到权重属性；对高亮节点添加边框。样式里左侧选择属性，中间填写映射方式，右侧预览效果，改完画布会实时更新。标签部分可以把节点名称显示出来，并设置字号、颜色和是否避让；节点密集时优先给重要节点加标签，避免文字互相覆盖。
5. 筛选分析并导出成图
   网络图调整好之后，可以用选择或筛选功能抽取出子网络，例如只保留某个阈值以上的边，或只保留某一类节点，再另存为一个新网络用于对比。需要统计信息时查看网络面板中的节点数、边数等摘要即可。导出时按用途选择格式：插入报告或网页用图片格式，后续继续编辑用工程文件或网络数据文件。导出图片前建议先确认画布缩放比例和背景是否透明，避免文字被裁切。最后把数据文件和导出结果一起归档，方便以后修改。整个流程可以概括为备数据、导入、布局、调样式、导出五步，逐项检查就能完成 cytoscape网络图制作。

软件页面：Cytoscape。