cytoscape作图

1. 先准备节点表和边表
   cytoscape作图的第一步不是打开界面乱画，而是把数据整理成两张标准表格。节点表至少包含一列节点名称，例如基因名或蛋白名，可以再加类型、分组、表达量等属性列；边表至少要有来源节点和目标节点两列，表示谁和谁相连，还可以加权重、互作类型、方向等列。表格建议保存为制表符分隔的文本文件或通用表格格式，第一行写列名，不要合并单元格，不要留空行。节点名称在两张表里必须完全一致，大小写和符号都要统一，否则导入后会出现孤立点或连不上的情况。如果后续想用颜色区分上下调，就把数值放进节点表的属性列里；如果想用线宽表示互作强度，就把数值放进边表的属性列里。
2. 导入网络并确认节点边数量
   打开软件后从文件菜单选择导入网络，分别指定节点表和边表，并告诉软件哪一列是节点标识、哪一列是来源、哪一列是目标。导入完成后先看网络面板里的节点数和边数是否和表格一致，再检查有没有孤立的节点。如果节点数对但边数明显偏少，多半是名称不一致或分隔符选错；如果两个表都导入却只出现一张空图，检查是不是把边表当成了节点表。这个阶段不要急着调样式，先把数据关系确认正确，后续所有构图都建立在这一步之上。
3. 选择合适的布局让结构看得清
   cytoscape作图最关键的一步是布局选择。节点少、关系密集时可以用环形或圆形布局，让每个节点都露出来；节点多、有明显模块结构时用受力引导布局，它会自动把联系紧密的节点聚到一起；想看层级或方向关系可以用层次布局。布局菜单里通常可以反复运行不同布局对比效果，也可以手动拖动个别节点微调。注意布局只改变位置，不改变连接关系，所以可以放心多试几种。节点数量很大时，先把不重要的节点或边过滤掉再布局，否则图会糊成一团，这是很多人觉得cytoscape作图效果差的常见原因。
4. 用样式面板把属性映射成颜色和形状
   要让图有表达意义，需要在样式面板里做视觉映射。常见做法包括按节点属性设置填充颜色，例如上调标红、下调标绿；按节点类型设置形状，例如基因用圆形、蛋白用方形；按连接强度设置边的粗细；按互作类型设置边的虚实或颜色。设置时先选中要修改的节点或边类型，再指定映射的属性和数值范围，这样颜色深浅会随数值变化。标签也可以在这里打开并调整字号，节点多时建议只显示重要节点的名字，避免文字互相压叠。
5. 导出清晰图片用于论文或汇报
   图调好后从文件菜单选择导出，常见格式有图片格式和矢量格式。投稿或印刷优先选矢量格式，放大不糊；放在幻灯片或网页里可以用高分辨率图片格式，导出时把分辨率调高一些。导出前先确认当前视图里显示的就是想要的那部分网络，被过滤或隐藏的元素一般不会出现在导出结果里。如果导出的图背景是透明的而下游需要白底，可以在导出选项里改背景，或者导出后在图片工具里补白底。最后建议把工程文件另存一份，方便以后改颜色、换布局或补数据，不用从头再做一遍。

软件页面：Cytoscape。