cytoscape核心基因筛选

1. 准备并导入基因互作网络
   要做核心基因筛选先得有一个网络文件。常见做法是从 STRING 数据库导出物种的互作关系表，或使用 Cytoscape 的 stringApp 直接按基因名和物种在线取网络。导入时选 File 菜单下的 Import 里的 Network from File，确认来源列和目标列指向基因名称，互作权重列如果有就保留。导入后检查节点数是否与预期基因数相符，太少通常是基因名写法不一致或物种参数没设对。
2. 安装并打开筛选相关应用
   Cytoscape 本体负责画网络，核心基因筛选通常靠 Apps 菜单里的应用完成。打开 Apps 下的 App Manager，搜索 CytoHubba 或 MCODE 并安装。装好后在 Apps 菜单点开对应面板。若列表里没有这些应用，说明还没安装成功，重新检查网络连接和应用仓库地址即可，不需要改动系统设置。
3. 用 CytoHubba 按拓扑指标挑核心基因
   在 CytoHubba 面板中把当前网络选为输入，选择要用的算法，例如 MCC、MNC、Degree 或 Betweenness。这些指标从不同角度衡量节点重要性：MCC 更看重紧密连接的局部模块，Degree 看连接数，Betweenness 看节点在路径中的枢纽作用。设定要输出的节点数量后运行，软件会给出排名表并把高分节点在原网络上着色。想更稳可以同时跑两三种指标，取共同排名靠前的基因作为候选核心基因。
4. 用 MCODE 找密集模块再收窄范围
   如果关心的是成簇的核心而不是单个高分节点，可以在 Apps 里选 MCODE。打开面板后保持默认参数先跑一次，它会找出网络中连接最密集的子模块并给出打分。模块得分高说明内部连接紧密，可以把模块内节点作为核心基因候选；如果模块太大，就调高节点得分阈值或调低包含最小节点数，让结果更集中，再结合 CytoHubba 的排名交叉验证。
5. 结果解读与导出
   筛选完成后在右侧表格里按得分从高到低排序，结合颜色深浅判断重要性。选中排名靠前的节点，用 File 菜单的 Export 导出表格或图片；需要进一步分析时把节点名复制到其他工具做富集。判断结果是否合理可以看这些基因是否属于同一通路或功能相近，若排名靠前的基因彼此毫无关联，多半是网络本身太杂，需要先过滤低置信度互作再重新筛选。

软件页面：Cytoscape。