Cytoscape使用教程详细，从导入网络到出图的完整操作流程
Cytoscape使用教程详细要解决的是「怎么用」的问题，核心操作路径是：先导入网络和属性表，再用样式面板把节点和边映射成看得懂的样子，接着跑布局让网络舒展开，最后导出图片或结果。按这个顺序走，绝大多数入门任务都能完成。下面按实际界面逐块说明。
- 第一步：导入网络与属性表
打开 Cytoscape 后，从顶部菜单 File → Import → Network from File 选择你的网络文件。常见格式是 SIF、XGMML、GraphML、Cytoscape.js JSON 以及制表符分隔的边列表。如果只有边列表，导入向导里要指定哪一列是源节点、哪一列是目标节点、哪一列是互作类型，分隔符选 Tab 或逗号要与文件一致。网络导入后，再从 File → Import → Table from File 导入节点属性，关键是把表示节点名称的那一列与网络里的节点 ID 对应上，导入对话框里勾选「Show Text File Import Options」可以手动指定键列。导入成功后，左侧控制面板会出现网络视图和对应的表格视图，右侧会有 Style、Layout 等面板。若导入后主视图空白，先检查边列表是否被识别成了属性表，或节点 ID 是否与属性表键列大小写不一致。 - 第二步：用 Style 面板把节点和边映射成可读的样式
网络默认是一堆灰色小点，需要用样式面板做视觉映射。在右侧 Style 面板里，先给节点设置 Shape、Size、Fill Color，再给边设置 Width、Line Type、Target Arrow Shape。想按数据映射颜色，就点属性旁的问号或下拉框，选择 Column、Mapping Type 为 Continuous Mapping 或 Discrete Mapping，然后选对应的属性列和配色。例如节点大小按 degree 映射，颜色按 logFC 映射，边粗细按 weight 映射。映射设置后如果画面没变化，检查当前 Style 是否被选中、属性列是否已正确导入、以及映射范围是否把所有值压到了同一端。Style 面板支持导出成 XML 样式文件，方便下次直接套用。 - 第三步：选择并运行布局让网络展开
布局决定节点在图上的位置。在右侧 Layout 面板或菜单 Layout 里选择算法：小网络可用 Grid Layout 或 Circular Layout 快速铺开；中等规模常用 Prefuse Force Directed Layout 或 Force-directed Layout，让连接紧密的节点聚在一起；有层级关系可用 Hierarchical Layout；想按属性分组可用 Attribute Circle Layout 或 Group Attributes Layout。运行后如果节点挤成一团，可以调 Force Directed 的默认 Spring Length、Node Repulsion 等参数再跑一次，或者用工具栏的缩放和拖动微调。注意布局只改位置不改数据，不满意可以反复重跑，不会破坏网络本身。运行布局期间如果界面卡住，等它跑完再操作，大网络可先筛选子网络再布局。 - 第四步：选择、筛选与高亮关键节点
在 Select 菜单或工具栏里可以用 Select → Nodes → By Column 按属性筛选，比如选出 degree 大于某个值、或 logFC 超过阈值的节点。也可以用 Select → Use Filter 创建过滤条件，配合 Style 里的「选中的节点」样式来做高亮。选中后右键可创建子网络，或从 Select 菜单导出选中节点列表到表格。常用操作还包括：框选、按住 Shift 加选、用 Ctrl/Cmd 点选加减。若想按网络拓扑筛选，可用 Select → Nodes → By Topology，例如选出所有与某类节点直接相连的邻居。筛选结果会反映在表格视图里，可排序、可复制到外部文件继续分析。 - 第五步：安装并使用常用 App 扩展功能
Cytoscape 本体功能有限，很多分析靠 App 完成。从菜单 Apps → App Manager 打开应用管理器，在搜索框里找需要的 App 并安装，安装后通常在 Apps 菜单下出现入口。常被用来跑富集分析、网络聚类、路径分析的 App 都能在这里找到，安装前留意它要求的 Cytoscape 版本和 Java 版本，版本不匹配会导致菜单不出现或运行报错。安装后如果找不到入口，先确认 App 是否处于启用状态，再重启一次软件。App 的运行结果一般会生成新的表格列或子网络，可继续用 Style 面板做可视化。不要从非官方渠道下载 App 安装包，避免来源不明文件。 - 第六步：导出图片、表格与保存会话
结果输出分两类。出图用 File → Export → Network to Image，可选 PNG、JPEG、PDF、SVG 等格式，导出前先调好缩放和背景，PDF/SVG 适合后期在矢量软件里继续调整。出数据用 File → Export → Table to File，导出节点表、边表或选中子集，方便在 Excel、R 或 Python 里继续处理。想保留当前所有网络、样式和布局，用 File → Save As 保存为 CYS 会话文件，下次打开能完整还原。注意导出图片的清晰度与画布大小有关，如果图太小，先在视图里放大到合适比例再导出；导出表格时确认列顺序和分隔符符合下游工具要求。
软件页面：Cytoscape。