cytoscape怎么做网络图

1. 准备节点表和边表
   Cytoscape 画网络图的最小数据是两张表。节点表至少有一列节点名称，例如基因名、蛋白名或通路编号；边表至少有两列，分别填写连线的起点和终点，列名要和节点表里的名称对应。把这两张表存成制表符或逗号分隔的文本文件，表头写在第一行。如果手头只有一份邻接矩阵，也可以先转成边表再导入，避免后续识别不到节点。检查名称是否统一，大小写、空格、连字符不一致会被当成两个不同节点，网络会显得比实际零散。
2. 导入节点和边
   打开 Cytoscape 后，从菜单里选择导入网络的文件入口，依次指定节点表和边表。如果一次只导入一份文件，就先导入边表，软件会提示是否把边表里的名称也当作节点；选择是，就能自动生成节点。导入完成后查看右侧或下方的表格面板，确认节点数量和边数量是否和原文件一致。若发现少了很多边，通常是列名没对应上或分隔符选错，回到文件里核对表头和分隔方式再重新导入一次即可。
3. 选择布局让图铺开
   导入后的网络默认可能挤成一团，需要从布局菜单里挑一种排布方式。常见选择有环形布局、力导向布局、层次布局等：环形布局适合展示整体连接关系，力导向布局会把连接紧密的节点拉近、稀疏的节点推开，层次布局适合有方向、有上下游关系的数据。选好布局后点运行，图会自动散开。如果节点仍然重叠，可以手动拖动几个关键节点，或调整布局参数里的斥力、边长再运行一次。不同数据集没有万能布局，多试两三种、看哪种最能看清簇和连线即可。
4. 调整节点和边样式
   在样式面板里可以分别设置节点和边的外观。节点常用设置包括形状、大小、填充色，颜色可以按某一列数值做连续映射，例如按表达量从蓝到红，也可以按分类字段给不同组别不同颜色。边可以设置粗细、颜色、线型，用粗细表示权重、用颜色表示方向或类型。标签也是在这里打开，选择用哪一列作为显示文字，并调整字号和位置。调整时建议先改一类属性看效果，再改下一类，避免一次改太多反而分不清哪项起作用。
5. 筛选与突出关键部分
   网络较大时，可以按属性筛选出关键节点做子网络。使用选择菜单里的按属性选择，或用筛选面板设置条件，例如只保留连接数高于某个值的节点、只保留某一类边。选中后可以把子集复制成新网络，再单独布局和配色。也可以对节点按度数、介数等指标排序，把排名靠前的节点调大或高亮颜色，让核心节点在图上更容易被看到。筛选条件写错时直接清除选择重来，不会破坏原始数据。
6. 导出图片或数据
   图形满意后，从导出菜单选择图片格式，常见有 PNG、PDF、SVG。PNG 适合直接放报告或幻灯片，PDF 和 SVG 适合需要放大或再次编辑的场合。导出前把视图缩放到合适比例，确认标签没有被裁掉、图例说明完整。如果还要把结果交给别人复现，可以同时导出网络文件和样式文件，或者在导出选项里选择带样式导出。需要说明的是，不同版本菜单名称可能略有差异，找不到某项时以当前界面里的导入、布局、样式、导出这几组菜单为准去定位即可。

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